prikaz prve stranice dokumenta DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI
Access restricted to students and staff of home institution
doctoral thesis
DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI
2022. urn:nbn:hr:184:962854
Pavletić Peršić, Martina
University of Rijeka
Faculty of Medicine
Center for Proteomics

Linked objects
COVID-19 (zbirka 2.) | Virtual collection
Cite this document

Pavletić Peršić, M. (2022). DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI (Doctoral thesis). Rijeka: University of Rijeka, Faculty of Medicine. Retrieved from https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:184:962854

Pavletić Peršić, Martina. "DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI." Doctoral thesis, University of Rijeka, Faculty of Medicine, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:184:962854

Pavletić Peršić, Martina. "DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI." Doctoral thesis, University of Rijeka, Faculty of Medicine, 2022. https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:184:962854

Pavletić Peršić, M. (2022). 'DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI', Doctoral thesis, University of Rijeka, Faculty of Medicine, accessed 09 December 2024, https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:184:962854

Pavletić Peršić M. DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI [Doctoral thesis]. Rijeka: University of Rijeka, Faculty of Medicine; 2022 [cited 2024 December 09] Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:184:962854

M. Pavletić Peršić, "DIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI", Doctoral thesis, University of Rijeka, Faculty of Medicine, Rijeka, 2022. Available at: https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:184:962854

Please login to the repository to save this object to your list.
Metadata
TitleDIZAJN, VALIDACIJA I PRIMJENA BRZIH MOLEKULARNIH DIJAGNOSTIČKIH TESTOVA U HITNOJ MEDICINI
Title (english)DESIGN, VALIDATION AND IMPLEMENTATION OF FAST MOLECULAR DIAGNOSTIC TESTS IN EMERGENCY MEDICINE
AuthorMartina Pavletić Peršić
MentorVanda Juranić Lisnić (mentor)
MentorAlan Šustić (komentor)
Committee memberStipan Jonjić (predsjednik povjerenstva)
Committee memberVišnja Nesek Adam (član povjerenstva)
Committee memberĐurđica Cekinović Grbeša (član povjerenstva)
GranterUniversity of Rijeka
Faculty of Medicine
(Center for Proteomics)
Rijeka
Defense date and country2022, Croatia
Scientific / art field,
discipline and subdiscipline		BIOMEDICINE AND HEALTHCARE
Clinical Medical Sciences
Universal decimal classification
(UDC)		61 - Medical sciences
Abstract
Cilj istraživanja: glavni cilj istraživanja je uspostaviti brzu molekularnu dijagnostiku na mjestu skrbi za pacijenta, tzv. POCT (od eng. „point-of-care tests“) molekularnu dijagnostiku u odjelu hitne medicine (OHBP od Objedinjeni hitni bolnički prijam) Kliničkog bolničkog centra Rijeka. Ispitanici i metode: u prvi i drugi dio istraživanja u kojemu smo usporedili direktni qPCR (dqPCR) sa standardnim qPCR (stndqPCR), optimizirali i validirali dqPCR u POCT, uključili smo 126 ispitanika podijeljenih u 4 grupe: pacijenti, zaposlenici KBC-a Rijeka, pacijenti hospitalizirani u COVID-19 respiracijskom centru i pacijenti s potvrđenom COVID-19 infekcijom dva ili više tjedana prije testiranja. Treći dio istraživanja u kojem smo tijekom 4 mjeseca analizirali implementiranu POCT – PCR metodu proveli smo na preko 10.000 pacijenata i zaposlenika KBC-a Rijeka čiji su se uzorci slali u naš Laboratorij na dijagnostičku molekularnu analizu. Za istraživanje izabrali smo Seegene-ov Allplex SARS-CoV-2 paket kemikalija koji dolazi u kompletu s računalnim programom „SARS-CoV-2 Viewer“ za automatiziranu interpretaciju rezultata, a rezultate smo analizirali primjenom Seegene i strožih naših kriterija. Rezultati: analizirajući i uspoređujući osjetljivost i specifičnost dqPCR i POCT varijante dqPCR sa stndqPCR-a broj pozitivnih, negativnih ili neodređenih rezultata bilo je u snažnom slaganju s rezultatima dobivenih stndqPCR-om. Nadalje, korelacija sa stndqPCR-a bila je još izraženija kada su za stratifikaciju dobivenih rezultata korišteni naši kriteriji te smo na temelju učinjenih analiza i dobivenih rezultata zaključili da je POC-dqPCR, modificirani postupak dqPCR-a u kojem medicinsko osoblje bez prethodnog iskustva u molekularnoj dijagnostici može pouzdano koristiti prethodno pripremljenu reakcijsku smjesu za detekciju SARS-CoV-2 u odjelima hitne medicine i/ili sličnim odjelima koji neposredno skrbe za oboljele. Dodatno smo validirali metodu korištenjem standardiziranih uzoraka Svjetske zdravstvene organizacije te na zbirnim uzorcima djelatnika OHBP-a KBC Rijeka. Zaključak: Seegene-ov Allplex SARS-CoV-2 test smo prilagodili u direktni qPCR test sličan POCT-u koji može učinkovito i pouzdano provoditi medicinsko osoblje u Laboratoriju za brzu molekularnu dijagnostiku u hitnoj medicini, OHBP-a KBC Rijeka.
Abstract (english)
Objectives: main objective of this research is to establish fast, point – of – care molecular diagnostics, at the Emergency department of the Clinical hospital center Rijeka. Patients and methods: in the first and second part of research we compared direct qPCR with standard qPCR, optimized and validated dqPCR in the POC setting. We included 126 subjects in 4 groups: patients from ED, hospital employees, patients hospitalized in COVID-19 respiratory center and patients in whom COVID -19 infection has been confirmed two or more weeks before testing. For the third par we included more than 10.000 patients and employee samples which were analyzed in out Laboratory for the diagnostic molecular analysis. Seegene Allplex SARS-CoV-2 reagents were used coupled with SEEGENE SARS-CoV-2 Viewer software for the automated data interpretation. For data interpretation we applied both Seegene and our – more stringent criteria. Results: comparing sensitivity and specificity of dqPCR and POCT dqPCR with stndqPCR we obtained strong correlation of results in terms of positive, negative, and undetermined results. Furthermore, correlation was even more pronounced applying our criteria. Based on the results obtained we conclude that POC-dqPCR, modified dqPCR in which medical staff without previous molecular diagnostics can reliably use SARS-COV-2 detection reagents prepared in advance in emergency departments and/or other departments which provide direct patient care. We, additionally, validated the method using standardized World health organization samples and pooled samples from the Clinical hospital center Rijeka Emergency department staff. Conclusion: We adapted a Seegene Allplex SARS-CoV-2 test into a direct, point-of-care like, test which can be efficiently and reliably used in Laboratory for fast molecular diagnostics in emergency medicine of the Clinical hospital Center Rijeka.
Keywords
Keywords (english)
Languagecroatian
URN:NBNurn:nbn:hr:184:962854
Promotion2022
Study programmeTitle: Biomedicine Postgraduate (doctoral) study programme
Study programme type: university
Study level: postgraduate
Academic / professional title: doktor/doktorica znanosti, područje biomedicine i zdravstvo (doktor/doktorica znanosti, područje biomedicine i zdravstvo)
Type of resourceText
File originBorn digital
Access conditionsAccess restricted to students and staff of home institution
Terms of useLicence In copyright icon
Created on2022-10-24 11:09:23