Kirurška patologija najznačajniji je i vremenski najzahtjevniji dio prakse većine patologa. Ima za cilj dati/isključiti definitivnu dijagnozu bolesti temeljeći se na uzorcima tkiva. Dva su glavna tipa tkivnih uzoraka za patološku analizu: biopsije i kirurške resekcije. Četiri su glavna dijela kirurške patologije koji se koriste u konačnoj dijagnostici tkivnih uzoraka: makroskopski pregled, patohistološki pregled koji se temelji na svjetlosnoj mikroskopiji, imunohistokemija i molekularne/citogenetske analize. Rezultat rada patologa je patohistološko izvješće. Ono sadrži makroskopski i mikroskopski opis lezije, dijagnozu ili diferencijalnu dijagnozu. Postoje situacije kada je potrebno dijagnozu postaviti za vrijeme kirurškog zahvata, dok je pacijent pod anestezijom. Tada se koristi hitna ili intraoperacijska biopsija, na smrznutim tkivnim rezovima. Hitna ili intraoperacijska biopsija je hitno stanje u patologiji koje zahtijeva dobru suradnju između kirurga i patologa te iskusnog i dobro educiranog patologa koji je svjestan mogućnosti, ali i ograničenja hitne biopsije. Resekcijski rubovi su rubovi ili površine koje je napravio kirurg. Udaljenost između tumora i resekcijskog ruba naziva se kirurški rub. Kirurški rubovi izuzetno su važni jer pozitivnost rubova korelira s recidivom bolesti. Definicija pozitivnog kirurškog ruba ovisi o vrsti tumora, njegovoj biologiji i lokalizaciji bolesti. Jedan od najvažnijih ciljeva kirurške patologije je dijagnostika malignih bolesti i procjena proširenosti bolesti, odnosno klasifikacija tumora, prema odrednicama Svjetske zdravstvene organizacije. Patološka klasifikacija (p) malignih bolesti označava se kao pTNM (primarni tumor – T, regionalni limfni čvorovi – N, udaljene metastaze – M). Ona se temelji na podacima dobivenim prije kirurškog liječenja uz modifikaciju proizašlu iz patohistološke analize tkiva.