Antibiotici zaustavljaju rast i umnožavanje bakterija ili dovode do smrti bakterijskih stanica te su stoga učinkoviti lijekovi u suzbijanju bakterijski infekcija. Penicilini, cefalosporini, tetraciklini, makrolidi, klindamicin i metronidazol su antibiotici koji se najčešće koriste u dječjoj dentalnoj medicini. Primjena antibiotika u dječjoj populaciji razlikuje se od primjene u odrasloj zbog fizioloških promjena koje se događaju tijekom djetetova rasta i razvoja i njihovog utjecaja na farmakokinetska svojstva antibiotika. Antibiotska terapija može biti empirijska, ciljana i profilaktička. U dječjoj dentalnoj medicini antibiotici se koriste u terapiji: odontogene infekcije, traumatskih ozljeda, parodontnih bolesti, perikoronitisa, bakterijskih sijaloadenitisa, infekcija mekih tkiva usne šupljine i dr.. Također, primjenjuje se antibiotska profilaksa u rizičnim skupinama pacijenata. Antibiotska terapija ima i svoje nedostatke koji uključuju: razvoj bakterijske rezistencije, toksičnost, reakcije preosjetljivosti, interakcije s drugim lijekovima i nuspojave. Bakterijska rezistencija jedan je od najvećih javnozdravstvenih problema današnjice, a za njen razvoj zaslužna je nekritična i masovna primjena antibiotika. Važno je dakle dobro procijeniti određeno dijagnostičko stanje i opće zdravstveno stanje svakog djeteta te utvrditi je li antibiotska terapija u tom slučaju indicirana.